Основными задачами Центра являются:
- организация и обеспечение археологических раскопок культурного слоя Новгорода и других населенных пунктов;
- ведение охранных раскопок памятников археологии, попадающих в сферу народно-хозяйственной деятельности (строительство или ремонт дорог, разработка карьеров, благоустройство территории и др.);
- участие в разработке проектов реставрации культовых и гражданских памятников (предварительные работы по исследованию фундаментов существующих или утраченных построек, выявление строительных периодов сооружений, архитектурных деталей);
- наблюдение за прокладкой инженерных коммуникаций на территориях, представляющих историческую ценность;
- предварительные археологические исследования на участках нового строительства, которое планируют вести организации или частные лица.